Jika sebelumnya sudah di bahas lengkap mengenai how to get there, bagaimana cara menuju Wakatobi, maka kini bahas akomodasi di Wakatobi. Wakatobi adalah sebuah Taman Nasional yang di kelola secara baik. Ada banyak terdapat tempat utuk menginap disana, mulai dari homestay yang sangat value sampai dengan resort mewah yag menawarkan kenyamanan lebih.
Setelah menempuh perjalanan yang panjang dan melelahkan sudah saatnya anda manjakan diri dengan beristirahat di lokal hotel dan atau lokal homestay.